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http://q.hatena.ne.jp/1257429626質問者の方は、下記の方法でも改善されなかったみたいですが、Thunderbird3では、高速な検索機能が追加されていて、そのインデックス作業に非常に時間がかかります。
おそらく、質問者の方の環境でもThunderbirdが一所懸命インデックスしていたんじゃないですかね。
私の場合、一つのGMailアカウントが7GBほど使ってたんで、一晩放置して翌日からようやくまともに動作するようになりました。その間、インデックスが終わるまでは、Chromeからウェブアクセスで対処するのがいいです。
独自ドメインのメールをGoogle Apps で使っているんですが。
レンサバのメールサーバーで使うよりも容量が多く。なによりも迷惑メールフィルタが優れているのが便利な理由。
また、IMAPにも対応していて、自宅や会社でメールを同期する事ができ、将来的にもモバイルでメールを同期できる（と考えられる）ので、おすすめです。
ところが、Thunderbird にIMAP で標準的な設定を行った場合、最初は問題ないようでも、しばらく使っていると同期（受信処理）に時間がかかったり、メールが開かず、ずっと真っ白なままの場合があります。
私の環境で、３～４年分くらい使っているんですが、最近では、全く役に立たない状況になってしまい、メーラー（Thunderbird）が悪いのか、プロトコル（IMAP）が悪いのか、困っていました。
同じような症状がないかと、ググってみたら…
どうやら、「GMailのIMAPは、遅い」「GMailのIMAPは、標準仕様の『一部』を採用しており、完全ではない」「GMail（IMAP）のtrashフォルダの使い方に注意」などなどの情報が出てきます。
GMailのIMAPでは、ゴミ箱をIMAP準拠のtrashでは使っていなくて、Thunderbirdで一般的な「メールの削除」を行うと、imap/trashラベルを付けるだけで、メールを削除していないのが原因のようです。
そこで、ThunderbirdでGMail（IMAP）アカウントを正しく設定する方法。
- 「ツール」→「オプション」→「詳細」から「設定エディタ」を起動する。
- 「フィルタ」欄に「mail.server.server」と入力し、「値」に「imap.gmail.com」と設定されている項目をリストアップする。
その時の「設定名」の番号を記録しておきます。 - 「設定エディタ」ウィンドウの上で、｛右クリック｝→「新規作成」→「文字列」を選択し、「設定名」を「mail.server.server*.trash_folder_name」（＊は、2で記録した番号に置き換える）とする。
- 「値」に「[Gmail]/ゴミ箱」と入力する。
- Thunderbirdを再起動する。
これで、メール削除の際に、Gmailのゴミ箱フォルダを使用するようになります。
Thunderbirdを再起動する場合の注意として、Thunderbirdは、終了時の終了処理をウィンドウクローズ後に行っているので、終了後すぐに立ち上げると、前の設定のまま立ち上がる（新しい設定を読み直さない状態）事があるので、終了後1分程度の時間を空けてから立ち上げる。
こうすると、フォルダツリーのゴミ箱アイコンが、[Gmail]フォルダ以下に移動し、アカウントツリー直下にtrashフォルダが残っていると思うので、trashフォルダは、ツリーから削除する。
下書きフォルダ、送信済みメールフォルダもGMailの物を使う。
標準の設定では、下書きフォルダや、送信済みメールフォルダをローカルに保存するようになり、受信環境のそれぞれのPCに分散されてしまうので、GMailフォルダを使用するように変更する。
この設定は、簡単でフォルダツリーから、アカウントを｛右クリック｝→「プロパティ」を選択し、「コピーと特別なフォルダ」の設定項目から、[Gmail]以下のフォルダを指定するようにすればOK。
迷惑メールの設定も同じようにしておけば、Thunderbirdで迷惑メールとして処理したメールをGMailが学習してくれて、さらに迷惑メールフィルタの精度が向上する（と思われる）。
ここまで、設定してみたところ、当初のようなモッサリとした状況は改善され、非常に快適に使えています。
